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About liver disease

NASH Databank

La NASH Databank est un système que nous avons développé pour assurer le stockage, permettre l’interrogation et une analyse pertinente de l’ensemble des données relatives au Programme NASH. Elle se positionne comme un outil d’aide à la décision dans nos études sur la NASH.

Les expériences menées à Genfit générent de grands et/ou complexes jeux de données issus de différentes technologies (microarray, protéomique, …). Notre équipe bioinformatique s’efforce d’aider les scientifiques dans la gestion et l’analyse de ces jeux de données.

Dans le domaine de la NASH, nous avons développé la ‘NASH databank’, un système d’information qui permet le stockage de nos données biomédicales sur le long terme, de fédérer diversité et volume des jeux de données et de faciliter leur extraction et leur transformation en informations pertinentes.

Capitalisant sur nos expertises et expériences dans de précédents projets de dévelopement de bases de données biomédicales (comme dans le projet Européen Biobridge ou le projet ITDiab soutenu par OSEO), nous avons identifié les différentes sources et formats de données clés dans le domaine de la NASH, et établi comment consolider leurs flux.

En nous appuyant sur une connaissance fine du besoin de nos scientifiques en matière d’interrogation de données, nous avons développé notre plan de gouvernance des données (qualité, migration, intégration des données, …) et conçu un système fondé sur une architecture à trois niveaux :

  • plusieurs bases de données comme socle de notre système (chacune dédiée au stockage d’une source de données bien controlée et spécialisée)
  • l’implémentation d’une plateforme d’intégration (ETL) pour fédérer toutes les données disponibles
  • un portail web offrant différentes vues sur les données et des outils pour analyser les données via des requètes pré-préparées (également nommées Workflow).

Ainsi, nos scientifiques et cliniciens peuvent-ils analyser efficacement et rapidement les données pour mieux faire progresser les études dans la NASH.

 
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